本中心实行实验教学指导委员会、实验教学管理委员会和学生及行业评教委员会监督下的主任负责制。中心设中心主任1人，全面负责中心的实验教学、中心建设和管理工作。设常务副主任1人，协助中心主任负责具体的组织、管理和运行。设四大中心实验室，分别为材料基础实验室、高分子材料综合实验室、材料专业创新综合实验室和新材料工程应用综合训练基地，设4名副主任分别负责四大实验室，主要负责各大实验室建设、技术保障、教学改革、课程建设与管理等工作。

中心还建立了高分子材料、包装工程、纺织工程及实验室管理等相关领域造诣颇深的专家学者组成的实验教学指导委员会，为实验教学中心建设进行决策咨询、规划论证，对实验室中心教学改革、实践实验教学等环节进行督导。同时，设有由化学与材料工程学院院长担任主任的实验教学管理委员会，负责对实验室中心教学过程和教学计划执行情况进行统筹和管理。为了更好的进行实验教学质量评估工作，中心同时设有学生及行业评教委员会，负责组织每学期的学生与行业评教工作。

在以上各委员会的统筹基础上，为了提高运行效率，中心在人员、仪器设备、实验设施、教学安排等方面实行集中管理，统一安排，共同统筹，从而实现了资源共享、人员合理流动和实验室全面开放的良好局面。