本中心根据学校有关规定制定了《化学实验室安全制度》、《化学实验室学生守则》、《实验室开放管理暂行办法》、《化学实验室低值耐用品管理办法》、《化学实验室仪器设备管理制度》、《化学实验室仪器设备损坏、丢失赔偿制度》等制度。根据各实践性环节的不同实行相对应的开放运行管理办法。对基础实验采取网上公布实验课程名称、实验室开放时间、地点、任课教师，学生上网选择，实验中心进行确认并协调后在网上公布的形式；对综合性实验、开放式研究实验和毕业设计/论文环节以进行课题研究的形式向学生全面开放。大型精密仪器设备由专职人员负责管理、维修、维护与保养，设立使用档案。制定大型仪器设备操作规程，定时定人进行维护维修并做好维护维修记录。大型仪器设备实行分级管理全面开放，所在实验室采用基于LIMS的网络管理系统，即包含门禁、视频、客户端进行辅助管理。学生须经过培训、考核方能获得仪器使用授权，从而进一步预约使用仪器设备。机台管理技术人员对学生提出的问题或巡查中发现的问题予以解决。